MeDIC

De la recherche à la pratique: améliorer un outil de bio-informatique

Contexte

Une équipe du NUTRISS a développé un outil d’analyse baptisé MeDIC (Metabolomic Dashboard for Interpretable Classification). Grâce à ce logiciel, il est possible d’appliquer des algorithmes d’apprentissage automatique à des ensembles de données métabolomiques non ciblées acquises par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse.

L’objectif est d’extraire les caractéristiques les plus importantes, car elles constituent des biomarqueurs potentiels nouveaux. L’interface est conçue pour être facile à utiliser et intuitive, même pour ceux qui ont peu ou pas d’expérience en programmation et en intelligence artificielle.

Notre contribution: faciliter l’accès à MeDIC 

Nous avons été sollicités pour optimiser le code de ce projet. Après des échanges constructifs avec l’équipe du NUTRISS, nous avons identifié plusieurs points clés pour améliorer l’outil et le préparer à être partagé avec une communauté plus large.

Réalisations

Optimisation de la distribution 

Nous avons créé un package Python sur PyPI (medic-ml) et une image Docker (elinaff/medic) simplifiant ainsi l’installation de MeDIC à une seule commande. 

Compatibilité multiplateforme

Nous avons amélioré le processus d’installation sur Windows, Linux et macOS, facilitant son utilisation pour plus de chercheurs, quel que soit leur système d’exploitation. 

				
					# Avec Python
pip install medic-ml

# Avec Docker
docker run elinaff/medic:latest
				
			

Stabilité et maintenance 

L’ajout d’un logger a permis de mieux suivre les opérations et d’améliorer le débogage. Nous avons également corrigé plusieurs bogues et mis en oeuvre des améliorations pour rendre MeDIC plus stable et plus fiable. 

Amélioration de 
l’expérience utilisateur 

Conscients de l’importance de l’expérience utilisateur, nous l’avons bonifiée par deux améliorations :

  • Amélioration de la fluidité lorsque utilisateur se déplace dans les différents onglets de l’application. 
  • Validation immédiate des paramètres pour avertir l’utilisateur si l’expérimentation demandée est inadéquate, afin d’éviter des erreurs après un traitement prolongé. 
  • Sauvegarde automatique des paramètres et résultats dans des fichiers uniques horodatés, avec affichage de son emplacement à l’utilisateur.

Le résultat

Vers une publication scientifique

Notre travail a contribué à faire de MeDIC un outil non seulement performant, mais aussi plus facile àinstaller et à utiliser. Ces améliorations ont été essentielles pour l’étudiante responsable du projet, luipermettant de se concentrer sur la rédaction d’un article scientifique et de préparer la publicationde son outil pour la communauté de recherche.

Ce projet montre comment une collaboration entre le développement logiciel et la recherchescientifique peut aider à améliorer et à partager des outils technologiques.

Collaborateurs